Het Van Dam-orgel uit 1881 in de Kooger Kerk in Zuid-Scharwoude is een van de grootste instrumenten die orgelbouwer L. van Dam en Zonen heeft gemaakt. Deze bekende Friese orgelmakersfamilie begon haar bedrijf in 1777. Vier generaties lang bleef de orgelmakerij binnen de familie. De tweede generatie bestond uit twee zoons van de stichter: Luitjen Jacob en Jacob. Na 1846 werd het bedrijf voortgezet door drie zoons van Luitjen Jacob: Lambertus (1823-1904), Pieter (1824-1889) en Jacob (1828-1907). Zij bouwden in 1881 het orgel voor de Kooger Kerk.

Het instrument kreeg twee manualen en een aangehangen pedaal. Daarbij werd al rekening gehouden met een later te plaatsen vrij pedaal: daarvoor was royaal ruimte vrijgehouden. Ook was voorzien in de latere toevoeging van een Mixtuur, op de registerknoppen aangeduid als “Muëtte 3-4 st”, en een Quintfluit op het bovenwerk, aangeduid als “Muëtte 3 vt”.

In 1912 verving de firma H.W. Flentrop uit Zaandam de Salicet 4 vt op het bovenwerk door een nieuwe fabrieksmatige Voix céleste 8 vt vanaf klein c. In 1932 gebruikte dezelfde firma de vrijgehouden ruimte voor het plaatsen van een pneumatische transmissielade. Daarop werden de pijpen C-d’ van de manuaal-Bourdon 16 vt geplaatst, zodat deze ook afzonderlijk op het pedaal bespeeld konden worden.

In 1965 kreeg het orgel voor het eerst een windmotor. Deze was afkomstig uit de Nederlands Hervormde kerk van Broek op Langedijk. De orgeltrapper werd daarmee overbodig, al bleef de bestaande handpompinstallatie gewoon intact.

De laatste grote restauratie en uitbreiding vond plaats in 1983/1984 door Bakker & Timmenga uit Leeuwarden, onder advies van Jan Jongepier. Daarbij werden de windladen hersteld en werd een vrij pedaal gerealiseerd op een nieuw gemaakte lade. Voor dit pedaal werd gebruikgemaakt van bestaand pijpwerk van vier registers, afkomstig uit het afgebroken Van Dam-orgel van de Oosterkerk in Leiden uit 1901. Ook de Salicet, die opnieuw op de plaats van de Voix céleste werd gezet, kwam uit dit Leidse orgel.

Verder werden enkele wijzigingen aan de windvoorziening aangebracht en werd de pneumatische transmissie verwijderd. Om de spanen van de handpomp te behouden, werden deze naar binnen omgedraaid. De open plaatsen voor de Mixtuur en de Quintfluit werden alsnog ingevuld, waarbij loos frontpijpmateriaal uit de middentoren van het Leidse orgel werd gebruikt.

Tijdens de kerkrestauratie werd het orgel verplaatst van het koor aan de oostkant naar de westkant van de kerk, voor de toren. De akoestiek van de kerk is zeer fraai, waardoor de ruimte zich uitstekend leent voor concerten.