In de vroege 19e eeuw bouwde de firma Bätz, destijds een van de toonaangevende orgelbouwers van Nederland, het orgel in zijn huidige vorm. Daarbij werden enkele registers behouden uit een ouder instrument: het renaissance-orgel dat Peter Janszoon de Swart tussen 1569 en 1571 had gebouwd. Van deze vermaarde bouwer zijn zes registers in het Rugwerk, drie in het Bovenwerk en twee in het Pedaal bewaard gebleven. De oude pijpen beslaan grotendeels het bereik F, G, A – f#2, a2; het overige pijpwerk werd later toegevoegd in 1640, 1709 en 1831.

Architect Tieleman Franciscus Suys uit Brussel ontwierp de neoklassieke kast met gotische ornamenten en de ruimte voor negen wigvormige balgen. Het instrument werd zó gebouwd dat pijpen en mechaniek goed bereikbaar zijn – een aspect dat zelfs Cavaillé-Coll tijdens zijn bezoek in 1844 bewonderde.

In 1865 verving Witte de Sexquialter van het Hoofdwerk door een Cornet V, en in 1895 werden de tongwerken opnieuw geïntoneerd. In de periode 1911–1936 verdwenen enkele registers, werd het Bovenwerk voorzien van een zwelkast en verdween de oorspronkelijke balgenkamer.

Tijdens de restauratie van 1972–1973 door Van Vulpen, specialisten in Bätz-orgels, werden de verdwenen registers gereconstrueerd. Omdat buiten de kast geen ruimte meer was voor wigbalgen, kreeg het orgel een nieuw windsysteem met zes regulateurs binnen de hoofdkast. De zwelkast bleef behouden.