Kort na de ingebruikname van de Grote Kerk, op 1 januari 1775, begon orgelbouwer Albertus Antoni Hinsz met de bouw van het nieuwe orgel. De eerste pijp werd geplaatst op 11 september 1775 en al op 30 april 1776 was het instrument gereed. Daarmee behoort dit orgel tot de laat-18e-eeuwse meesterwerken waarin de Noord-Nederlandse orgelbouw haar rijpe vorm bereikt.

Gedurende lange tijd bleef het orgel vrijwel ongewijzigd. Het onderhoud lag in handen van onder meer Albertus van Gruisen en later de firma’s Van Dam en Hardorff. In de loop van de 19e en 20e eeuw onderging het instrument echter meerdere ingrijpende wijzigingen. In 1864 voerde Van Oeckelen een grote restauratie uit, waarbij de dispositie sterk werd aangepast en de oorspronkelijke tongwerken werden vervangen door doorslaande tongen. Verdere veranderingen volgden in 1915 door Pieter van Dam en in 1938–1939 bij een restauratie door J. de Koff & Zn., waarbij opnieuw registers werden vernieuwd en uitgebreid en ook het pedaalklavier werd vervangen.

Vanaf 1971 nam de firma Flentrop het orgel onder handen. In verschillende fasen werden onderdelen gerestaureerd en voorbereid op een fundamentele reconstructie. Onder advies van Maarten Vente en later Cees van der Poel werd steeds nadrukkelijker toegewerkt naar herstel van het oorspronkelijke concept. Deze inspanningen culmineerden in de reconstructie die in 2010 begon, waarbij het orgel volledig werd teruggebracht naar de situatie van 1776.

Op 1 oktober 2011 werd het gerestaureerde orgel opnieuw in gebruik genomen. Tijdens deze ingebruikname werd het instrument bespeeld door Cees van der Poel en de organisten van de kerk, Eeuwe Zijlstra en Jan Luth. Het resultaat is een orgel dat opnieuw laat horen wat Hinsz voor ogen stond, helder, krachtig en verfijnd, met een uitgesproken karakter en een indrukwekkende samenhang tussen klank en ruimte.