Het orgel van Leens werd geschonken door Anna Habine Lewe, douarière van Starkenborgh, ter vervanging van een ouder instrument uit 1622. Het nieuwe orgel werd volledig nieuw gebouwd door Albertus Antoni Hinsz en behoort tot zijn vroegste bewaard gebleven werk. Juist daardoor neemt dit instrument een bijzondere plaats in binnen het oeuvre van Hinsz.

In tegenstelling tot veel andere historische orgels heeft het orgel van Leens relatief weinig ingrijpende veranderingen ondergaan. In de periode 1843–1844 verrichtte Geert Pieter Dik uit Groningen voornamelijk herstelwerkzaamheden. Nadat in 1860 de blaasbalgen uit de instabiele toren waren verwijderd en kerk en toren waren hersteld, kreeg Van Oeckelen in 1867 de opdracht het orgel te restaureren. Daarbij werd de Quintadena 16’ gewijzigd in een Bourdon 16’.

In 1922 voerde Jan Doornbos een verbouwing uit, waarbij onder meer de frontprestanten werden vervangen, een nieuwe blaasbalg met elektrische windvoorziening werd geplaatst en enkele registers werden aangepast. Na de kerkrestauratie in de jaren vijftig verkeerde het orgel in slechte staat. Door gebrek aan middelen werd Mense Ruiter gevraagd het instrument in 1951 weer bespeelbaar te maken.

Een belangrijke restauratie volgde in 1968, uitgevoerd door Van Vulpen, waarbij de dispositie van 1734 werd hersteld. Hierbij werd geadviseerd door Lambert Erné en Cor Edskes. Op 26 april 1968 werd het orgel opnieuw in gebruik genomen, met Lambert Erné aan de klavieren. Latere werkzaamheden betroffen onder meer stabilisatie van de windvoorziening, regulier onderhoud en een stemming in Neidhardt.

Tussen 2018 en 2021 vond groot onderhoud plaats door de firma Reil. Daarbij werd de windvoorziening gereconstrueerd, de orgelkas gerestaureerd en de intonatie waar nodig herzien. Op 30 april 2021 werd het orgel opnieuw in gebruik genomen, bespeeld door adviseur Henk de Vries, gevolgd door een feestelijke ingebruikname tijdens de kerkdienst op 2 mei 2021.